洁净厂房在应用的初期曾称为“无窗厂房”或“密闭厂房”，可见洁净厂房对门窗的设置和门窗的构造均有十分严格的要求，以确保洁净室所需要的洁净度和防止运行过程中污染物从门窗渗漏。

在现行的国内外标准规范中均对门窗有相应的规定和要求，这些规定和要求主要有

1、当洁净室（区）和人员净化用室设置外窗时，应采用双层窗，并应有良好的气密性，同时应采取防结露措施。

2、洁净室（区）的门窗应满足使用功能的要求，其构造和施工缝隙应采用密闭措施。

3、洁净室内或不同等级之间的窗不宜设窗台，医药洁净室的窗宜与内墙面齐平，无菌洁净室的窗宜采用双层玻璃。

4、医药工业洁净厂房的无菌洁净室（区）门窗不应采用木质材料。

5、洁净室内的密闭门应朝向空气洁净度较高的房间开启，并加设闭门器，无窗洁净室的密闭门上宜设观察窗。

6、医药洁净室（区）的门不宜设置门槛，以避免室内灰尘在地面缝隙积聚，另外也可便于生产过程中运输车辆的出入。但是若没有门槛也可能造成洁净室内外的空气通过门框与地面间的缝隙流通，导致污染物的漏入，所以“规范”只规定“不宜”，实际应用中应根据空气洁净度等级要求和需要确定是否设置门槛。

洁净厂房的门窗首先应具有优良的气密构造，应具备使用方便、耐气候变化、自然变形少以及制作误差较小、容易控制缝隙等优良性能。洁净室门窗的制作材质宜选用金属制品，门窗的密闭材料主要有橡胶条、硅橡胶、密闭胶及单、双面压敏胶带等。测试表明，双层窗与单层窗相比漏风量确有显著的差异。为减少泄漏风量或降低污染概率，特别是沿外墙设置的窗，选择双层窗是有利的。

这里要说明的是即使在单层窗扇上装双层玻璃其漏风量也类似于单层窗，完全不同于双层窗，不仅在扇与框的搭接部位具有类似于单层窗的缺点，而且在断面构造上增加了槽口的复杂性。

除此之外，当与洁净室相邻环境的空气洁净度不同并需在洁净室内采取静压措施时，内门、内窗以及隔断等缝隙均应进行密封处理。